In 1672-73 benoemde Karel II hem tot intendant, een nieuwe functie in de Nederlanden waardoor hij in feite een provinciaal minister van financiën werd over een steeds groter stuk van de Zuidelijke Nederlanden. Hij kreeg steeds belangrijker opdrachten en zijn onderlegdheid in financiële aangelegenheden was zo groot dat wanneer hij in 1687 tot lid van de Consejo de Flandres benoemd werd, de landvoogd zijn bekwame en gewaardeerde medewerker niet naar Madrid liet vertrekken. De koning liet hem trouwens zijn zetel in de Raad van Financiën behouden. In 1688 werd Brouchoven thesaurier-generaal en, dus voorzitter van die raad en bovendien ook lid van de Raad van State.

Als thesaurier-generaal en dus superintendant van het leger, werd hem verweten zich autoritair op te stellen en het bestuur van de Spaanse Nederlanden, bijzonder de financiële administratie, in zijn handen en in die van zijn familie te houden. Ongetwijfeld was zijn machtspositie in de Spaanse Nederlanden in 1691 een onloochenbaar feit. Maar zijn pogingen voor een nieuw "gobierno politico, economico y militar" in de Nederlanden stuitten op onoverkomelijk verzet en hij slaagde er niet in de economische en internationale positie van onze gebieden te verbeteren. Zijn initiatieven voor de oprichting van een Oost-Indische Compagnie en de economische conferentie te Brussel in 1699 om de handel in onze gebieden aan te zwengelen liepen in deze hoogdagen van de protectionistische gedachte op een sisser uit. In 1699 gaf hij ontslag als thesaurier-generaal.